以下是一篇人類補完計畫劇場版完全解說的論文，由網友KAIDIN寫的。

壹．SEELE的補完計畫

1 SEELE計畫：亞當回歸LILITH，LILITH + 羅基奴斯長槍 + 薰融合（可以匯集生命）。

2 SEELE必須準備：
【一】製作LILITH備份（分身）的初號機，初號機是利用LILITH身　　　上物質製作而成。SEELE在劇場版表示當LILITH因為失去長　　　槍而無法補完時只有使用初號機執行 了。
【二】由渚薰當人類補完計畫實行者。原因如下：
　　‧薰是一個靈魂的容器，身體只是一個空殼，有自我（意識）　　　卻沒有靈魂。
　　‧SEELE在薰的身體中放了亞當的魂，是為補完之用。在第二　　　十四話補完版中SEELE曾對薰說過：「被拯救的（亞當）靈　　　魂與你同 在…」
　　‧薰在SEELE無意間撿到，會聽從SEELE所言。
　　‧SEELE欺騙薰表示NERV中的LILITH是亞當，薰會受便與　　　LILITH結合。
　　‧薰知道身為使徒必須回歸母體亞當，但薰受騙與LILITH結合　　　補完計畫即能實 現。

　　‧備註：補完計畫需要有人進入LILITH才能執行補完計畫。
【三】不能讓使徒干涉計畫，因此要殲滅所有使徒。
【四】讓EVA系列量產機成為進行儀式的工具。

貳．計畫遭受破壞

1 源堂暗中進行著自己的計畫。
【一】源堂的愛妻碇唯在初號機第一次接觸實驗中融進了初號機，　　　源堂想要再次見到唯。
【二】但是初號機的地位相當於神。原因如下
　　　‧唯這個科學家在初號機中，即是有智慧之果。
　　　‧初號機在奪走第十四使徒的S2機關，得到了生命之果。 　　　‧兩種果實同時擁有的時候，地位就相當於神了。
【三】源堂想見唯就要提昇自己的地位，他利用零，引導他見唯。 【四】零的效果與薰相同，都不會抗命。
【五】零雖然擁有LILITH的魂，但零產生了屬於自己的想法，因此　　　零會聽從源堂指示。

2 源堂對付SEELE；SEELE的應對。
【一】源堂對付第十五使徒乘機用去羅基奴斯長槍，這樣SEELE的　　　補完計畫就會延遲。
【二】零與第十六使徒同歸於盡後卻活著，SEELE才發現零的可　　　疑，其實零有好多替身。
【三】SEELE讓薰以第五適格者的身份進入NERV本部，方便與　　　LILITH融合，達成補完。
【四】薰發現「亞當」的真實身份卻是LILITH，於是知道自己走投　　　無路，便選擇死。
【五】把SEELE逼得用初號機補完，是源堂見到唯的其中一個步　　　驟。
【六】SEELE企圖利用九台EVA系列形成逆生樹，將黑之月引出。 【七】接著初號機與長槍融合而形成生命之樹匯集生命。

3 關於第二次衝擊。
【一】極的葛城調查團發現亞當，於是在兩千年九月十三日進行亞　　　當實驗。其步驟如下 ：
　　　‧亞當與長槍呈現物理融合後失去控制。
　　　‧接著開始企圖匯集生命，也就是GAF之門打開了。
　　　‧這時葛城調查團的人員極力將亞當的力量抽出，匯集生命　　　　失敗。
　　　‧因為力量抽出的關係，產生了爆炸，而亞當還原成卵狀。
【二】我們不該把亞當看成第一使徒，應該把它算是LILITH的分　　　身。
【三】而初號機也是LILITH的分身，即說通初號機的光之翼與補完　　　之功用。

參．人類補完儀式
1 SEELE的預定。
【一】初號機暴走，因而真正的長槍被初號機從月球召回。
【二】由EVA系列釋放S2機關與初號機形成逆生樹即讓黑之月
　　　（GEO-FRONT）被引出。

2 源堂同樣進行著見唯的計畫。
【一】源堂在第二十四話時將卵形的亞當融入自己手中。
【二】源堂將手中的亞當放入零的身體中，與零融合。
【三】但是零背叛源堂，並說出：「我並不是你的玩偶。」之後便　　　回歸了LILITH。
【四】這是因為源堂把零當成傀儡，為見到唯而造的工具，而零認　　　為真嗣才是關心她的。
【五】零回歸之後，LILITH得回自己靈魂，於是LILITH得以移動，　　　祂開始變大。
【六】零因為之前提到真嗣的關心，回歸LILITH之後她就想為真嗣　　　達成心願。

3 補完計畫出乎SEELE之意料。
【一】EVA系列圍繞LILITH並發出AT力場與LILITH同化。
【二】真嗣回憶自己不被重視，希望大家都去死，而零要去實現那　　　個願望。
【三】反AT力場具象化，虛幻的零變成你最親近的人。
【四】接觸那些虛幻的零，你的靈魂被LILITH奪取，肉體會變為　　　LCL的生命之水。
【五】EVA系列用它們的長槍刺自己的核心，是為了鎮壓了人類的　　　意志。因為人類意志與靈魂再次相逢，絕對領域又會展開，　　　便無法融合。
【六】初號機（生命之樹）也進到LILITH，飛舞著的零代表著人的　　　靈魂。
【七】真嗣覺得這不是自己想要的世界，他想要面對現實並與大家　　　破鏡重圓。
【八】於世黑之月炸開，LILITH崩裂，初號機從LILITH左眼破繭而　　　出，補完失敗。